本馆内没有完整和系统的清代档案，保存着一些清朝时期的零散文件。将这些文件集中起来，加以整理编目，组成“清代档案汇集”。

归入本“汇集”的档案，共93卷，228件，均为永久保存。档案形成时间最早的为康熙57年（1718年）镶红旗马三典地字据，最晚形成于宣统三年（1911年）。清代皇帝年号中，没有顺治、雍正朝的文件，其余各朝形成的文件均有保存。

本“汇集”档案目前按文件进馆前原保存单位分类，分为6类，即：四季青地区、玉渊潭地区、东北旺地区、海淀地区、温泉地区、其他。“其他”类文件，一部分是所在地区不可考，一部分是目前海淀区区域以外地区的文件。本“汇集”档案已全部开放。

本“汇集”档案形成年代久远，故具有较高的保管价值。文件基本上是当时社会上土地、房产买卖、典当、抵押等财产关系契约及纳税凭证，记载了现在有关各乡区域内清代的某些社会状况。对于研究清代土地制度、经济状况、阶级关系有一定参考作用。其中“其他”类中，大董村（现属丰台区）梁文焕及其家庭与他人在土地、房产方面形成的契约较多（民国时期70号全宗也有材料），对于研究当地阶级关系、土地制度似有典型意义。